L'origine del suo nome si rifà a Teodoro, soldato romano martirizzato nella persecuzione Diocleziana, a cui fu dedicata la chiesa di San Teodoro. Dal sec. XIV fu possesso di Giacomo de Mustacio, poi di Paolo Campolo, infine di Pietro Brunaccini nominato principe di San Teodoro da Carlo II nel 1687. Nel periodo compreso dal 1928 al 1940 la cittadella venne aggregata al comune di Cesarò.